Orkester Haydnova filharmonija je leta 1987 ustanovil ugledni madžarski dirigent Adam Fischer, pod imenom Avstrijsko-madžarska Haydnova filharmonija. Prvotno so orkester sestavljali člani Dunajskih filharmonikov in vodilnih madžarskih orkestrov. Fischerjev namen je bil združiti izbrane glasbenike obeh držav še pred padcem »železne zavese« s ciljem izvajanja del Josepha Haydna v zgodovinski dvorani gradu Esterházy, na prav tistem prizorišču, za katero je Haydn napisal velik del svojega opusa.

Orkester se je s številnimi turnejami hitro uveljavil tudi v mednarodnem okolju (Evropi, ZDA in Aziji). Postal je reden gost dunajske Koncertne hiše in Glasbenega združenja, Palače umetnosti v Budimpešti, züriški dvorani Tonhalle, festivala Baden Baden, Berlinske filharmonije, v Madridu, Barceloni, na londonskem festivalu Proms, newyorškem Mostly Mozart, v tokijski dvorani Suntory, na vodilnih prizoriščih Kitajske, Teatru Colón v Buenos Airesu in mnogih drugih.

Nicolas Altstaedt je prevzel umetniško vodstvo orkestra v sezoni 2015/2016, od leta 2016 pa orkester nastopa zgolj še pod imenom Haydnova filharmonija. V prvi skupni sezoni so glasbeniki pod Altstaedtovim vodstvom nastopili na zelo uspešni turneji po Kitajski. Adam Fischer pa bo z orkestrom kot častni dirigent ostal povezan tudi naprej.

Orkester je pod Fischerjevim vodstvom med letoma 1987 in 2001 izvedel zbrane Haydnove simfonije. Dve zgoščenki za založbo MDG Dabringhaus & Grimm sta leta 2006 in 2008 prejeli ugledno nemško glasbeno nagrado echo. Posnetek Mozartovega koncerta za klarinet s Sharom Kam pa je leta 2011 prejel nagrado diapason d'or.